Naast de inhoudelijke archeologische resultaten heeft de Betuweroute ook sterk bijgedragen aan de ontwikkeling van de methode voor archeologische management. De omvang van een project als de Betuweroute vereiste onderzoek vereiste projectmatige archeologische aanpak. Alleen zo bleef de archeologische inbreng binnen het bouwproject beheersbaar en kon de archeologie volwaardig participeren in een nieuwe vorm van samenwerking met overheid en opdrachtgever, die vooruitliep op de uitvoering van het Verdrag van Malta. Hiermee is een belangrijke bijdrage geleverd aan de ontwikkeling van kaders en normen op het gebied van archeologie en de management methode.

In het document, 'Malta in de maak: archeologisch management tijdens het Betuwerouteproject' (76 mb), geschreven door Boudewijn Goudswaard van Past2Present-ArcheoLogic  wordt een analyse gemaakt van de organisatie van het archeologisch project, de gehanteerde werkwijzen en de daarmee behaalde resultaten.

De wetenschappelijke archeologische resultaten zijn vastgelegd in een serie boeken. Door de projectmatige aanpak zijn deze boeken voor het eerst in de archeologische geschiedenis binnen de tijd van de afronding van het project verschenen. De resultaten worden overal ter wereld gebruikt als voorbeeld. Ter afronding van het archeologisch onderzoek in het tracé van de Betuweroute heeft de tentoonstelling ‘Opgespoord Verleden’ plaatsgevonden. Tevens is het publieksboek 'Opgespoord verleden' geschreven naar aanleiding van de afronding van het archeologisch onderzoek en de tentoonstelling. Het boek beschrijft het onderzoek en de vondsten voor het grote publiek.