Binnen de Projectorganisatie Betuweroute zijn tijdens de looptijd van het project door de afdeling kwaliteitsborging verschillende interne en externe audits afgenomen met als doel het toetsen en, waar nodig, het verbeteren van het kwaliteitssyteem. Het document 'Toelichting op de audits' geeft een toelichting op de interne en externe audits.

Gedurende de uitvoering van de onderbouw zijn de contractteams ge-audit. Voordat deze contractteams werden ontbonden is afsluitend de eindbalans opgemaakt van de contractteamaudits. Het document ‘Eindrapportage Audits kwaliteitssysteem contractteams onderbouw' beschrijft de werkwijze en de uitkomsten, evenals de conclusies en aanbevelingen voor het kwaliteitssysteem en de auditsystematiek.